Программы, которые я советую

SEO
Работа с ключевыми словами: Magadan (платно), Slovoeb (бесплатно)
Работа с внутренними ссылками и картами сайтов: Xenu (олдскульная прога), ScreamingFrog (хороша в платной версии)
Позиции, ключевики, оценка Директа и многое другое: Key Collector (платно, но маст хев)
Генератор текстов: Генератор (самый привычный инструмент)
Чистка и сортировка больших объёмов текста (баз ключевиков): Penguin (бесплатно)
Простой генератор доров: Dorgen-X (серверный, бесплатно)
Проверка текста на уникальность: Advego Plagiatus (бесплатно)

Общий софт
Текстовые редакторы: Notepad++ (подсветка синтаксиса и куча других плюх), AkelPad (просто шустрый)
Чтение RSS: FeedReader
Хранение паролей: KeePass (уж всяко лучше Экселя или текстового файла в облаке)
FTP-менеджер: FileZilla (до неё был FAR, и это был пиздец)

Плагины
SEOquake (проверка seo-параметров, десятки их)
RDS Bar (проверка seo-параметров, десятки их)
Вебмастер SAPE (соответственно, для проверки качества ссылок в сапе — но к нему нужны свои дополнительные настройки)
Плагин Яндекс.Метрики (при настройке целей показывает на странице, какие цели отработаны а какие нет, и почему)

Вот в общем и всё. Всякие рерайтеры, карты ссылок, майнд-карты — всё это фигня и профанация олдскула в виде мозгов, рук и умения делегировать задачи. Например, за рерайтом лучше идти в биржи; за перелинковой — анализировать статистику кликов и смотреть в сторону ручного проектирования перелинковки; планирование хорошо строится и в обычных электронных таблицах.